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Volcano Plot Script — 火山图生成脚本

v1.0.0

从差异表达基因(DEG)分析结果生成R/Python代码,用于绘制火山图。可自定义列名、显著性阈值、基因标注和配色方案,输出高质量PNG/PDF/SVG图像文件和显著基因列表。

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by @aipoch-ai (AIpoch)·MIT-0
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License
MIT-0
最后更新
2026/4/2
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无害
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OpenClaw
安全
high confidence
该技能与其声明的目的(生成火山图代码/图表)内在一致,不请求凭据或额外权限,仅包含本地Python脚本和文档——存在一些小问题,但无隐蔽或无关行为。
评估建议
该技能看起来符合其描述:包含一个用于生成火山图的本地Python脚本,仅请求用户提供的输入文件。运行前:1) 本地检查scripts/main.py(代码片段显示无网络调用或混淆代码),2) 运行python -m py_compile scripts/main.py并在非敏感样本上测试,3) 使用virtualenv安装依赖,4) 注意小bug(脚本的top-N基因选择功能在未检测到p值类列时可能出错)以及文档不匹配(SKILL.md引用了manifest中不存在的assets/项)。如需更高保障,可要求作者提供缺失资产列表或完整代码审查;否则在非敏感DEG文件上运行是安全的。...
详细分析 ▾
用途与能力
名称/描述与包含的工件匹配:SKILL.md记录了火山图生成器,程序包包含Python入口点(scripts/main.py)以及示例数据和参考资料。无无关凭据、二进制文件或云API请求。
指令范围
运行时指令要求代理仅验证输入并运行打包的Python脚本。SKILL.md不指示读取无关系统文件或联系外部端点。注:README声称有额外的打包资产(如assets/example_volcano.R),但这些资产不在manifest中——这是文档不一致问题,但不是直接的安全问题。存在一些小代码健壮性问题(例如,计算top-N基因时选择p值列如果找不到匹配的列可能会失败),可能导致崩溃但不会造成数据泄露。
安装机制
未提供安装规范(仅带打包脚本的指令),因此不会自动下载或安装任何内容。依赖项是典型的Python绘图/数据库(requirements.txt),与任务相称。
凭证需求
该技能不需要环境变量、凭据或配置路径。所有数据访问均通过用户提供的输入文件路径。这与声明的目的相称。
持久化与权限
always:false且没有更改其他技能或系统范围设置的机制。该技能可由用户调用,并可按平台默认值自主调用,这对于技能来说是预期的;它不请求持久权限。
安全有层次,运行前请审查代码。

License

MIT-0

可自由使用、修改和再分发,无需署名。

运行时依赖

无特殊依赖

版本

latestv1.0.02026/4/2

初始版本:从差异基因表达结果生成可用于发表的R/Python火山图代码。- 创建可定制的Python(matplotlib/seaborn)或R(ggplot2)火山图脚本(p值vs fold-change)。- 支持输入参数化,包括列名、显著性阈值、基因标注和配色方案。- 包含可重用的参考资料和生物信息学工作流示例资产。- 输出高质量图像文件(PNG/PDF/SVG)和可选的显著基因列表。- 提供验证步骤和不完整或格式错误数据的回退处理。请访问我们的GitHub获取R示例。

● 无害

安装命令 点击复制

官方npx clawhub@latest install volcano-plot-script-1
镜像加速npx clawhub@latest install volcano-plot-script-1 --registry https://cn.clawhub-mirror.com

技能文档

概述

此技能生成用于从差异表达基因(DEG)分析结果创建火山图的R和Python代码。

功能

  • 生成Python脚本(使用matplotlib/seaborn)
  • 生成R脚本(使用ggplot2)
  • 自定义参数:
- 列名映射 - 显著性阈值 - 基因标注 - 配色方案
  • 输出格式:PNG、PDF、SVG
  • 生成显著基因列表

输入

用户应提供包含以下列的CSV/TSV文件:

  • 基因ID
  • 折叠变化(log2)
  • p值(或调整后p值)

使用方法

python scripts/main.py --input deg_results.csv --output volcano_plot

参数

参数描述默认值
--input输入DEG文件路径必需
--output输出文件名前缀volcano_plot
--pvaluep值列名pvalue
--logfclog2折叠变化列名log2FoldChange
--gene基因ID列名gene
--threshold显著性阈值0.05
--language输出语言python

示例

详见 assets/ 目录中的示例数据。

要求

  • Python 3.8+
  • pandas
  • matplotlib
  • seaborn
  • numpy

  • R 4.0+
  • ggplot2
  • dplyr
  • tidyverse
数据来源:ClawHub ↗ · 中文优化:龙虾技能库
OpenClaw 技能定制 / 插件定制 / 私有工作流定制

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