Volcano Plot Script — 火山图脚本

火山图脚本生成器 一个用于生成出版级火山图的技能，从差异基因表达分析结果中。 概述 火山图可视化统计学显著性（p值）和变化幅度（折叠变化）在基因表达数据之间的关系。 该技能生成可定制的R或Python脚本，用于创建适合出版的高质量图形。 用例 可视化RNA-seq DEG分析结果 识别显著上调和下调的基因 突出感兴趣的基因（标记物，通路） 生成出版级图形用于手稿 比较多个实验条件 输入要求 所需输入数据格式：基因标识符（基因符号或ENSEMBL ID） 对数2倍变化值 调整或原始p值 可选：基因注释，通路 输出 出版级火山图（PNG/PDF/SVG） 可定制的R或Python脚本 可选：标记显著基因列表 用法 示例：运行火山图生成器 python scripts/main.py --input deg_results.csv --output volcano_plot.png 参数 参数描述默认 --input DEG结果CSV/TSV文件路径所需 --output 输出图形文件路径volcano_plot.png --log2fc-col 对数2倍变化列名log2FoldChange --pvalue-col p值列名padj --gene-col 基因ID列名gene --log2fc-thresh 对数2倍变化阈值1.0 --pvalue-thresh p值阈值0.05 --label-genes 标记基因文件None --top-n 标记前N个显著基因10 --color-up 上调基因颜色#E74C3C --color-down 下调基因颜色#3498DB --color-ns 非显著基因颜色#95A5A6 技术难度中等 - 需要理解： DEG分析概念（折叠变化，p值，FDR） 数据可视化原则 Matplotlib/ggplot2绘图库 依赖项 Python pandas matplotlib seaborn numpy R ggplot2 dplyr ggrepel（用于标签定位） 参考 示例数据集和模板 火山图可视化最佳实践 无障碍颜色方案 作者 自动生成的生物信息学可视化技能。 风险评估 风险指标评估级别 代码执行Python/R脚本在本地执行中等 网络访问无外部API调用低 文件系统访问读取输入文件，写入输出图形中等 指令篡改标准提示指南低 数据暴露输出文件保存到工作区低 安全检查清单 无硬编码凭据或API密钥 输入文件路径验证（无../遍历） 输出目录限制为工作区 脚本执行在沙盒环境中 错误消息清理（无堆栈跟踪暴露） 依赖项审计（pandas，matplotlib，seaborn，numpy） 先决条件 Python依赖项pip install -r requirements.txt R依赖项（如果使用R）install.packages(c("ggplot2", "dplyr", "ggrepel")) 评估标准 成功指标 成功生成可执行Python/R脚本 输出图形是出版级质量 正确识别显著基因基于阈值 处理缺失或格式错误的数据 颜色方案是无障碍的（色盲友好） 测试用例 基本DEG可视化：输入标准DESeq2结果 → 有效的火山图 自定义阈值：调整log2FC和p值阈值 → 正确的基因分类 基因标记：指定标记基因 → 标记正确 大型数据集：输入20,000+基因 → 性能保持可接受 格式错误的数据：输入带有缺失值 → 宽容的错误处理 生命周期状态 当前阶段：草稿 下次审查日期：2026-03-06 已知问题：无 计划改进： 添加交互式图表选项（Plotly） 支持多组比较 与通路富集工具集成